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就業協議和勞動合同都是具有法律意義的法律文件，兩者緊密相聯，分別簽訂于畢業生就業過程的不同階段。就業協議書與勞動合同都是用人單位錄用畢業生時所訂立的書面協議，但兩者還是有區別的，主要表現在：

（1）法律依據不同：就業協議的依據是1983年3月2日教育部頒布的《高等學校畢業生分配制度改革方案》和1997年國家教委制定的《普通高等學校畢業生就業工作暫行規定》，而勞動合同則依據于1995年實施的《勞動法》。前者屬于部頒規章，后者屬于國家基本法律，部門規章的法律效力低于國家勞動基本法律。

（2）簽訂內容不同：就業協議書主要是畢業生和單位的工作約定。勞動合同是學生和單位的從事具體工作和享受何種待遇等權利和義務的約定，內容更為具體，勞動權利義務更為明確；

（3）簽訂時間不同：一般來說就業協議書簽訂在先，勞動合同簽訂在后（一般是學生到單位報到后）。如果畢業生與用人單位就工資待遇、住房等有事先約定，亦可在就業協議書備注條款中予以注明，日后訂立勞動合同對此內容應予認可；

（4）簽訂目的不同：就業協議書是對畢業生就業基本情況的認定，是確定學生工作意向、用人單位愿意接收、學校編制就業計劃和負責畢業生派遣的依據。勞動合同是勞動者和用人單位明確勞動關系中權利義務關系的協議；

（5）簽訂主體不同：就業協議書經畢業生和用人單位簽字蓋章即具有法律效力，學校簽證后列入就業方案；勞動合同時畢業生與用人單位簽訂的協議，學校不是勞動合同的主體，也不是勞動合同的鑒證方。

（6）時效性不同：就業協議的效力始于簽訂之日，終于學生到工作崗位報到之時。就業協議的作用僅限于對學生就業過程的約定，一旦畢業生到用人單位報到，就業協議的使命也就完成了。就業協議不能替代勞動合同，不是確定勞動關系的憑證。

協議書與勞動合同的聯系在于：就業協議書主要是畢業生和單位的工作約定。但可以在備注中就服務期、試用期、基本收入、福利、違約金等涉及勞動關系存續期間的權利義務進行約定；就業協議書有關服務期、試用期、基本收入、福利、違約金等，在畢業生到單位報到后，可以作為雙方訂立勞動合同的依據，但這些條款必須有列入勞動合同，在雙方都認可后，正式簽訂勞動合同，才可以繼續生效。